北京协和医院创新性提出了“待病人如亲人，提高病人满意度；待同事如家人，提高员工幸福感”的办院理念；提炼出了“学术、品质、人文”的百年协和内涵；推进医疗服务体系、人才培养体系、科技创新体系、精细管理体系、开放协作体系、党建文化体系等“六大体系”建设。
目前，北京协和医院共有4个院区、总建筑面积62万余平方米，在编职工4300余人、两院院士3人、临床医技及平台科室59个、国家临床重点专科29个、科研平台6个、国家“双”建设学科5个、国家重点学科12个、一级学科博士学位授权点9个、继续医学教育基地6个、国家住院医师规范化培训专业基地21个、国家专科医师规范化培训试点基地8个。开放住院床位2000余张，2023年手术量7.3万例、年出院病人13万人次。先后获“全国文明单位”“全国卫生系统先进集体”“全国先进基层党组织”“全国抗击新冠肺炎先进集体”等称号。同时，医院还承担着支援欠发达地区、国家重要活动医疗保障和突发事件主力医疗队的重任。
近年来，得益于国家对风湿免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撑计划/863项目、自身免疫性疾病新药临床评价研究技术平台科技重大专项、卫计委行业科研专项等支持下，以北京协和医院牵头，联合全国近800家风湿病诊治中心，已初步形成系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）和国家风湿病数据中心（CRDC）的研究网络，成为国内的风湿病研究协作组织，创建了中国风湿病信息数据库、生物样本库（CRIP）和规范化培训和多学科交流平台（CREP），启动了中国风湿病学界的多中心协作研究，发布了中国风湿病学界的规范化诊治共识。
2020年8月，北京协和医院风湿免疫科实验室完成了靶抗原特异性标志物的全部项目方法学升级，由传统手工、批量操作、定性检测的酶联免疫吸附测定（ELISA）升级为全自动、实时进样、高通量、定时检测的化学发光检测方法，可检测自身抗体60余种。这也是国内三甲医院第 一条专门用于自身抗体检测的全自动流水线，日运行通量可达1.5万次。报告时间缩短到0.5至1个工作日，为患者的精 准诊断提供了重要支撑。