保函条款方面
格式不符：招标文件对保函格式有严格要求，但银行提供的格式与之不完全匹配，如索赔方式、期限等条款的表述不同，可能导致投标无效或引发其他问题。
条款不清：保函中的某些条款表述含糊，容易引发误解或争议，如保证方式、保证范围、索赔条件等约定不明确，可能在后期出现纠纷时，无法确定各方的权利和义务。
费用方面
费用过高：企业对银行收取的保函费用有疑问，觉得费用过高或者收费标准不透明，不同银行的收费标准差异较大，企业可能不清楚费用是如何计算的，增加了财务成本。
费用争议：在保函办理过程中，可能会出现一些额外费用，如加急费、修改费等，企业事先未了解清楚，导致与银行产生费用争议。
小金额保函：对于金额在 10 万元以下的小额保函，银行可能会按固定金额收费，一般在 300 元 - 1000 元左右。如工商银行投标保函手续费 100 元，履约保函和预付款保函手续费 300 元。
大金额保函：通常按保函金额的一定比例收取，比例范围大概在 0.5%-2%。例如保函金额为 100 万元，按 1% 的比例计算，费用就是 1 万元。当保函金额超过一定范围后，收费比例可能会有所下降。
合理安排申请时机与保函条款
把握银行冲量节点：银行在季度末、年末等时间节点可能有业务冲量需求，此时申请保函，银行可能为完成指标而给予一定费率优惠。
优化保函条款：在不影响项目需求和合作方要求的前提下，尽量缩短保函期限、降低保函金额。期限越短、金额越小，银行收费通常越低。同时，选择风险相对较低的保函类型，如能用投标保函解决问题，就不用履约保函。